Situación epidemiológica de las variantes del virus SARS-CoV-2 detectadas en Antioquia, de diciembre 2020 a enero 2022
DOI:
https://doi.org/10.33610/01229907.2022v4n1a4Palabras clave:
Genómica, Secuenciación de nanoporo, Epidemiología, Variantes de SARS-CoV-2Resumen
Introducción: la secuenciación genómica es una herramienta que permite identificar variantes del SARSCoV-2. La red de vigilancia genómica de Antioquia, viene trabajando en la caracterización de las variantes circulantes en el territorio, con el propósito de aportar evidencia científica a los tomadores de decisiones en el marco de la pandemia. El objetivo del presente trabajo es describir la situación epidemiológica de las variantes de SARSCoV-2 detectadas en Antioquia desde diciembre de 2020 a enero de 2022.
Materiales y métodos: estudio descriptivo de corte transversal. Las muestras secuenciadas hicieron parte de los muestreos probabilísticos y rutinarios del Instituto Nacional de Salud (INS). Para la secuenciación se usó la plataforma de Oxford nanopor, además se emplearon las bases de datos del Sivigila y de reporte de casos COVID-19 del INS para los datos sociodemográficos y clínicos. La identificación de los linajes y score de calidad de las secuencias se llevó a cabo en Nextclade y Pangolin.
Resultados: en Antioquia se identificaron variantes circulantes de SARS-CoV-2 en 2 675 muestras. Dentro de las variantes y/o linajes identificados los Delta, Mu y Gamma comprendieron la mayor proporción, aportando el 39 %, 27 % y 14 % respectivamente, sin embargo, la variante Ómicron desde su identificación (10 diciembre de 2021) presentó una amplia distribución en el departamento.
Discusión: la determinación de los linajes ha permitido evidenciar la diversidad genética viral que circula en la región mostrando una prevalencia diferencial espacio-temporal con respecto al contexto nacional. La vigilancia genómica se fortalecerá con el objetivo de monitorear el comportamiento en virtud a variables sociodemográficas.
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